Eesti Geograafia Selts asutati NSV Liidu Geograafia Seltsi (1845. a. asutatud Vene Geograafia Seltsi õigusjärglase) filiaalina 15. novembril 1955. a. Seltsi esimesel üldkoosolekul 2. novembril 1956. a. valiti selle esimeheks geograafiakandidaat Vello Tarmisto (1918–1991) TA Majanduse Instituudist (aastail 1974–1983 viimase direktor) ja aseesimeheks Tartu Riikliku Ülikooli geograafiakateedri juhataja geograafiakandidaat Endel Varep (1915–1988), kes täitsid neid ülesandeid 1985. aastani. 1985. aastal valiti seltsi esimeheks geograafiadoktor professor Jaan-Mati Punning ning aseesimeesteks akadeemik Anto Raukas ja geograafiakandidaat dotsent Ann Marksoo.

1964. aastast oli EGS vabariiklik selts, mille alluvus üleliidulisele seltsile oli formaalne (sisulise tegevuse kohta aastaaruande esitamine). Samas aga osaleti NSVL Geograafia Seltsi kongressidel ja teistel teadusüritustel.

Seltsi esimestel tegevusaastatel kujunesid töö põhisuunad, mis on kestnud praeguse ajani:

teadustöö,
teaduslike ja populaarteaduslike trükiste publitseerimine,
konverentside, nõupidamiste, seminaride jm. teadusürituste korraldamine,
geograafiateadmiste levitamine.

Kõiki seltsi liikmeid haaravate koosolekute jt. ürituste korraldamise kõrval leiti, et põhitöö peaks toimuma kitsama erialal sektsioonides. 1957. a. alustasid tööd füüsilise geograafia sektsioon Tartus ning majandusgeograafia ja kooligeograafia sektsioon Tallinnas. Järgmistel aastate ümberkorralduste tagajärjel jäi alates aastast 1967 pikemaks ajaks püsima EGSi järgmine struktuur:

Tartu osakond,
füüsilise geograafia sektsioon,
klimatoloogia-hüdroloogia sektsioon,
majandusgeograafia sektsioon,
kooligeograafia sektsioon,
terminoloogiakomisjon.

198? a. lisandus maastikuökoloogia sektsioon ja 1985. a. sektsiooni õigustes noorgeograafide klubi (tegutses kuni 1990. aastani).

Juba 1957. a. organiseeris EGS kaks vabariiklikku nõupidamist: esimese geograafilise uurimistöö olukorra ja selle parandamise võimaluste analüüsimiseks ning teise kodu-uurimise edendamise probleemidest ja juhendava organi – komisjoni loomisest. Sellest alates on selts ise või koostöös teiste asutustega igal aastal korraldanud teaduskonverentse, nõupidamisi ja seminare.

EGS on olnud koos Tartu (Riikliku) Ülikooli ja haridusministeeriumiga 1965/66. õppeaastast alustatud vabariiklike õpilaste geograafiaolümpiaadide korraldajaid.

EGSi ajaloost ja tegevusest võib täpsemalt lugeda:

• L. Merikalju. Eesti Geograafia Selts 1955–1975. – Eesti Geograafia Seltsi aastaraamat 1975/76. Tallinn, 1977, lk. 5–22.
• L. Merikalju. Eesti Geograafia Selts 1976–1985. – Eesti Geograafia Seltsi aastaraamat 23.kd. Tallinn, 1989, lk. 5–17.
• E. Varep, L. Merikalju. Estonian Geographical Society. – Estonia. Nature, man, economy. Tallinn, 1984, pp. 5–13.